Roku 1992 byla postavena budova ředitelství, modernizovány inženýrské sítě, pokračovaly rekonstrukce. Od 1. 7. 1994 je Vojenská nemocnice Brno příspěvkovou organizací. Jejím zřizovatelem je sekce správy majetku Ministerstva obrany ČR. Jejím základním posláním je poskytovat vysoce kvalifikovanou preventivní a léčební péči příslušníkům armády České republiky a armád NATO na jejím spádovém území. Podílí se rovněž na výchově zdravotnických pracovníků pro potřeby polní zdravotnické služby, čímž přispívá k udržování obranyschopnosti ČR. Současně je zapojena do systému veřejného zdravotnictví a poskytuje širokou škálu zdravotních služeb a léčební péče civilnímu obyvatelstvu ve vymezené spádové oblasti.

V roce 1999 byla citlivě opravena historická barokní fasáda v Lazaretní ulici, roky 2000 a 2001 probíhají ve znamení důsledné revitalizace historických částí areálu. S historickým kostelíkem sv. Kunhuty je perspektivně (po započaté rekonstrukci) počítáno jako s nemocniční lékárnou.