Počátek dějin Vojenské nemocnice v Brně je přímo spjat s historií premonstrátského kláštera, jehož základy byly položeny na zábrdovickém břehu Svitavy počátkem 13. století. Roku 1209 se připomíná papežská listina Innocence III., která přiznává klášteru jeho statky, darované zakladatelem kláštera, moravským soudcem Lvem z Klobouk. V roce 1211 se premonstráti dočkali vysvěcení prozatímního kostela sv. Kunhuty. Během dalších staletí své existence klášter střídavě procházel obdobími rozvoje i katastrof, zpravidla zaviněných válečnými událostmi. Poprvé byl vypálen již v roku 1241 při tatarském vpádu, takřka do základů byl zničen roku 1423 za husitských válek. České stavovské povstání znamenalo pro klášter konfiskaci jeho statků (1619) a zpustošení celého areálu. K poslednímu velkému ničení došlo v roce 1645, kdy budovy kláštera sloužily jako úkryt Švédům, obléhajícím Brno. Nejlépe se klášteru dařilo na přelomu 17. a 18. století. Nad střechy zcela přebudovaného klášterního komplexu se zvedla stavba velkoryse pojatého barokního chrámu Nanebevzetí Panny Marie (1661 - 1671, architekt Giovanni Pietro Tencalla ).

3. září 1783 navštívil zábrdovický klášter císař Josef II. se svou suitou, aby se přesvědčil, zda by sídlo premonstrátů nebylo vhodným útočištěm pro vojenskou nemocnici. Stávající městský špitál sv. Štěpána na Křenové ulici ani právě zrušený klášter sv. Anny tomuto účelu nevyhovovaly, což osud kláštera v Zábrdovicích zpečetilo definitivně. Premonstrátský klášter byl 24. července 1784 zrušen a 4. září téhož roku prohlášen vojenskou nemocnicí. Následující mnohaleté úpravy vnitřních prostorů měly na zřeteli přizpůsobení areálu jeho novému účelu, mnohdy však s rozporuplným výsledkem a za cenu poškození či zničení mnoha uměleckých památek. Tento stav trval až do roku 1918.

Počátkem sedmdesátých let 18. století byl interiér kostela upraven do dnešní podoby podle návrhu Františka Antonína Grimma. Klášter disponoval velkou knihovnou, kvetla zde filozofická a teologická studia, klášter prosperoval i po stránce hospodářské. Z dobových interiérů se uchoval kapitulní sál bývalé prelatury, jehož freskovou výzdobu provedl Josef Jan Winterhalter (1743 - 1807 ). Nástropní freska zobrazuje výjevy ze života Josefa Egyptského, jsou uspořádány do věnce, v jehož stredu se na oblaku vznáší Matka Boží. Květinová výzdoba stěn je připisována holandskému malíři Janu van Huijsumovi.