28. října 1918 přešla nemocnice pod správu československé branné moci. Prvním velitelem byl jmenován plukovní lékař MuDr. Katolický, který brzy předal velení posádkové nemocnice vrchnímu štábnímu lékaři MuDr. Františku Czesanému. Areál v Zábrdovicích (s chirurgickým a uzavřeným oddělením) nebyl v té době jedinou vojenskou nemocnicí v Brně. Druhou nemocnicí se samostatným velením byla Záložní nemocnice ve Střelecké ulici oddělením vnitřním, ušním a očním (velitel Dr. Schneider). Konečně Třetím zařízením byla Zeměbranecká nemocnice na Žlutém kopci (velitel Dr. Richter).

Když byla Zeměbranecká nemocnice předána zemi Moravské, byly Posádková a Záložní nemocnice sloučeny v Divizní nemocnici 6 s jedním velitelem. Pracoviště ve Střelecké ulici obdrželo statut "odbočky". Divizní nemocnice 6 byla původně tvořena jen budovami soustředěnými kolem čtvercového nádvoří. Na místě dnešního pavilonu 2 stála jednopatrová budova, na niž navazovala budova laboratoří. Bakteriologická laboratoř byla v činnosti již od roku 1919, po roce 1922 byly zřízeny laboratoře chemická, sérologická histologická. V meziválečném období byla postavena nemocniční budova č. 3 (1936), vystavěn nový operační sál, "velká budova" (1937, nynější Správa budov) a vedlejší budova pro stomatologii. Od 1. ledna 1937 byl změněn název nemocnice na Sborová nemocnice č. 6.
 

V letech 1939 - 1945 sloužila nemocnice wermachtu. Od dubna do 15. září 1945 se zde nacházel ruský polní lazaret. Pro potřeby nově se formující československé armády byla od 17. května 1945 zajištěna dočasná vojenská nemocnice v budově nemocniční pojišťovny Na vyhlídce. Všechna její oddělení se však do konce roku 1946 vrátila zpět do Zábrdovic.